Filipinler'e en yakın komşu ülkeler kuzeyde Tayvan ve güneyde Malezya'dır. Vietnam, Kamboçya ve Laos ülkenin batısındayken, doğu Filipinler'in en yakın komşuları Palau ve Marianas Adaları. Asya kıtasının güneydoğu kenarında yer alan Filipinler, her yönden Filipin Denizi ve Güney Çin Denizi ile çevrilidir.
Ülkenin konumu ve diğer ülkelerle olan yakınlığı genellikle bölgesel anlaşmazlıklara yol açar. Çin, Vietnam, Tayvan, Malezya ve Filipinler'in tamamı Filipinler'in batısındaki ve Vietnam'ın doğusunda bulunan Kalaya Adaları'nı iddia ediyor. Tartışmalı ülkelerin tümü, daha küçük adalarda kendi çıkışlarını yavaşça kuruyorlar. Malezya ve Filipinler'in, Borneo'nun kuzeyinde yer alan iki Malezya devletinden biri olan Sabah ile ilgili bölgesel anlaşmazlıkları var. Filipinler, Sulu Sultanlığı'nın eski bölgelerine dayanan devletin halefi olarak kendini tanıtırken, Malezya, Malezya'daki Sabah vatandaşlarının sakinlerini görüyor.
Hem Vietnam’ın hem de Filipinler’in Kalaya Adaları’yla ilgili iddialarına rağmen, iki ülke arasındaki ilişki dostça olarak nitelendirilebilir. Her iki ülke de Çin'in Güney Çin Denizi konusundaki iddiasına karşı çıkıyor ve her ikisi de tartışmalı bölgelere çok taraflı bir diplomatik çözüm getirme taahhüdünde bulunuyor.
