Filipinler'deki en büyük nehirler Cagayan Nehri, Rio Grande de Mindanao ve Agusan Nehri'dir. Ülkede toplam 421 nehir vardır, ancak bilim adamları bunların 50'sinin biyolojik olarak ölü olduğunu düşünüyor.
Filipinler'deki en uzun nehir Cagayan Nehri'dir. 314 mil uzunluğunda ve ülkenin kuzeyindeki Luzon adasında. Çağayan Nehri, özellikle şiddetli yağışlar sırasında su basmasına eğilimlidir. Çağayan Nehri Caraballo Dağları'ndan Babuyan Kanalı'na akar. En büyük ikinci nehir, Filipinler'in güneyindeki Mindanao adasında bulunan Rio Grande de Mindanao'dur. Yerliler nehri tarımsal ürünlerin yanı sıra kereste taşımak için kullanırlar. Rio Grande de Mindanao Impasug-ong dağlarında başlar ve Moro Körfezi'nde sona erer. Doğuda, Compostela Vadisi'nde başlayan ve Butan Körfezi'ne akan Agusan Nehri yatıyor. Filipinler'deki en büyük üçüncü nehir. Bu nehir içinde ve yakınında çok fazla turba ve sago bulunur ve ayrıca bitişik göllerde yaşayan göçmen ördeklere ev sahipliği yapar. Agusan şiddetli yağış dönemlerinde sel baskınlarına eğilimlidir.
