Faks makineleri on yıllardır başarıyla kullanılsa da, güvenlik yetersizlikleri ve donanım arızası olasılığı gibi bazı dezavantajları vardır. Ayrıca, faks makineleri daha yeni geliştirilen alternatiflerin bazılarından daha pahalıya mal olabilir.
Piyasaya sunulduğundan beri, faks makineleri işletmeler tarafından kağıt belgeleri bir konumdan diğerine aktarmak için kullanılmıştır. Bununla birlikte, tarayıcıların, kablosuz yazıcıların ve dijital dosya aktarımının ortaya çıkışı, faks makinelerine olan ihtiyacı azaltmış ve bir faks makinesinin modern bir belge aktarma çözümü üzerinden kullanmasıyla ilgili dezavantajların altını çizmiştir.
Bir faks makinesi kullanmanın en büyük dezavantajı, Chron'a göre, alternatif belge aktarma yöntemleriyle karşılaştırıldığında belgelerin bir konumdan diğerine aktarılmasının nispeten güvenli olmayan bir yöntem olmasıdır. Bir faks gönderirken, şirketler, bir korsanın iki faks makinesi arasında seyahat eden bilgilere erişebilme kolaylığı nedeniyle müşteri bilgilerini riske atma riski daha yüksektir.
Güvenlik sorunlarına ek olarak, faks makineleri dezavantajlıdır, çünkü kağıt sıkışmaları ve diğer kritik arızalar gibi donanım arızasına yatkınlardır. Belge göndermek için çok fazla faks makinesine güvenen şirketler için, bir faks makinesinin onarım ve bakım maliyeti, kağıt belgeleri aktarabilmenin yararlarından ağır basabilir. Son olarak, faks makineleri ayrıca geleneksel telefon hatları üzerinden uluslararası fakslar gönderirken uluslararası uzun mesafe ücretlerine tabidir. Bu sadece zamanla maliyet biriktirmekle kalmaz, aynı zamanda aktarım hızını da sınırlar.