Büyüme sırasında dibinde çürüyen domatesler, domatesin içinde ve dışında birtakım farklı eksikliklerden kaynaklanan çiçeğin sonunda çürümeye maruz kalır. Kalsiyum eksikliği, fazla azotlu gübre, aşırı tuzluluk, aşırı toprak pH'ı ve kök hasarı tüm olası nedenlerdir.
Çiçeğin sonunda çürüme belirli bir domatesin üzerine yerleşince, bu meyve için geri dönüşsüzdür, ancak bitkinin geri kalanı hala kurtarılabilirdir. İlk adım, çürümüş domatesleri çıkarmak ve bitkinin her hafta en az bir inç su almasını sağlamaktır. Su, domates bitkisinin tamamının kalsiyum almasını sağlar.
Bir sonraki adım, çürük olanları çıkardıktan sonra bitkinin altında malçlamayı içerir; bu aynı zamanda, domates ile toprak arasına koruyucu bir tabaka kattığı için de yardımcı olur. Bir domates bitkisi için ideal toprak pH'ı 6.5'tir ve çok asitli veya bazik olan toprak da çiçeğin çürümesine yol açar. Malç ayrıca domatesleri çok fazla tuz içeren topraktan korur. Bazı bahçıvanlar toprak için bir kalsiyum takviyesi almayı önermektedir, ancak yeterli sulamanın sağlanması ve domateslerin toprağa karşı bir engel oluşturması genellikle sorunu tamamlamadan çözer.