Kuyu suyundaki pas, demir veya bakteri olarak da bilinen havayla karışan demir veya manganez birikintilerinden gelebilir. Bakteriler iyi borulara yapışan sümüksü bir malzemeye dönüşebilir. Bu, suyun renk değiştirmesine, garip bir tada veya kokuya sahip olmasına neden olabilir.
Demir bakterilerinin hastalığa neden olup olmadığı bilinmemekle birlikte, diğer zararlı bakterilerin üremesi için iyi bir ortam yaratabilir. Pompaları, kuyu borularını ve kuyu ekipmanını tamir ederken, dezenfekte edilmelidir. Kuyu suyunun kirlendiğine dair herhangi bir gösterge varsa, bir laboratuvar suyu test edebilir.