Boliva'daki en ünlü su kütlesi Göldür (İspanyolca'da "Lago"). Güney Amerika'daki en büyük göl ve Dünya'daki ticari olarak en yüksek göle sahip göl Titicaca'dır. Poopó, Salar de Coipasa, Salar de Uyuni ve Uru Uru'dur. Altiplano havzasındaki göller acı tuzlu arasında değişmektedir. Ovalardaki tatlı su gölleri Huaytunas, Rogaguado, Rogagua, Guachuna ve El Océano'dur.
Bolivya'daki en önemli nehir Amazon'dur. Amazon havzasındaki diğer büyük nehirler arasında Madiera, Beni, Madre de Dios, Mamoré, Yata, Iténez (Guaporé olarak da bilinir), Itonmalar (San Miguel, San Julián veya San Pablo olarak da bilinir), Río Blanco (Baures olarak da bilinir) veya Agua Caliente), San Martin, Río Grande (Guapay olarak da bilinir) ve Acre. La Plata havzasında Paraguay, Bermejo ve Pilcomayo Nehirleri bulunur.
Sol de Mañana, Bolivya'nın güneybatısındaki Potosi bölümünde bir gayzerdir. Tiquina Boğazı, Titicaca Gölü'nün iki yarısını, daha büyük Chicuito Gölü'nü ve daha küçük Pequeno Gölü'nü birleştiren kanaldır.
Bolivya karadan inşa edilmiştir ve Titicaca Gölü'nün çevresindeki iklim üzerinde hafifletici bir etkiye sahip olacak kadar büyük olmasına rağmen, denizle hiçbir yönde bağlantı kurmaz.
