Çoğu HPV vakası, vücutla savaştıktan sonra sağlık sorunlarına yol açmadan kendi başlarına gider, diğerleri baş ve boyun kanserine neden olabilir. Bağışıklık sistemi HPV virüsüyle savaşamadığında, orofaringeal kansere neden olabilir, ABD Hastalık Kontrol ve Önleme Merkezlerini bildirir. Bu kanser türünün genellikle bir enfeksiyondan sonra gelişmesi yıllar alır. Tıp bilimi, HPV'nin tek başına neden olup olmadığına ya da HPV'nin tütün ürünlerinin kullanımıyla ya da kanserin gelişmesine neden olan diğer faktörlerle birlikte kullanılmasından emin olup olmadığından emin değildir.
Orofaringeal kanserin semptomları ses kısıklığı, kulak ağrıları, boğaz ağrısı ve açıklanamayan kilo kaybıdır. Diğer semptomlar arasında genişlemiş lenf bezleri ve yuttuktan sonra ağrı bulunur. Bazı insanlar, hiçbir belirti olmadan, bu tür kanserlere sahiptir.