Bobby Jones'un bir karısı, Mary Rice Jones ve üç çocuğu, Robert Jones III, Mary Ellen ve Clara vardı. Bobby Jones'un oğlu Robert III, Bobby Jones spinal hastalık syringomyelia'dan öldükten iki yıl sonra ölümcül bir kalp krizinden öldü.
Jones'un ayrıca Robert Tire Jones IV adında bir torunu var. Robert Jones IV'ün çocukları var, ancak en büyük oğlu aniden öldü. Robert Jones IV ilahiyat alanında yüksek lisans derecesine ve psikoloji alanında doktora derecesine sahiptir. Atlanta yakınlarında psikoloji pratiği yapıyor.
Jones dindar bir Baptist idi ve Pazar okulunu öğretti, ama karısı dindar bir Katolikti. Çift, Katolik inancında çocuklarını büyütdü, ancak Robert III, Faith Magazine'e göre bir Metodistle evlendi. Bobby Jones, 1924'te Mary Rice ile evlendi. Robert Jones III golf oynadı ve Atlanta Şehir Şampiyonasını kazandı.
