Pineal kistlerle ilişkili bazı semptomlar oldukça nadirdir, Ulusal Nadir Bozukluklar Örgütü'nü belirtir. Az sayıda vakada, bir kişinin zihinsel durumu değişebilir ve kiste kanama oluşabilir. Pineal kistleri olan bazı çocuklar cinsel gelişimde gecikme veya erken ergenlik yaşarlar.
Ulusal Nadir Bozukluklar Örgütü’ne göre, 2015’ten itibaren doktorlar epifiz kistlerinin nedenini bilmiyorlar. Büyük bir pineal kist asemptomatik olduğunda, büyüme olabileceği için kistin izlenmesi dışında tipik bir tedavi seyri yoktur. Bir epifiz kisti sürekli veya problemli olan sorunlara neden olduğunda, cerrahi olarak çıkarılması gerekebilir. Doktorlar, kraniyotomi, endoskopi ve stereotaktik aspirasyon dahil olmak üzere pineal kistleri çıkarmak için üç tip cerrahi kullanırlar. Bir kraniyotomi sırasında, cerrah kafatasının bir parçasını çıkarır ve kisti ortadan kaldırır. Bir endoskopi, doktorun kisti çıkarmak için kafatasına yerleştirdiği ince bir tüp kullanmaktadır. Stereotaktik aspirasyon, bilgisayar tarafından oluşturulan bir model kullanır ve bu da cerrahın kiste bir tüp yerleştirmesini ve sıvının emilmesini sağlar.