Balık yağı haplarının olası yan etkileri arasında WebMD'ye göre geğirme, ağız kokusu, bulantı, mide ekşimesi ve burun kanaması sayılabilir. Diğer yan etkiler, bazı kullanıcılarda gevşek dışkı ve kızarıklıktır. Günde 3 gram önerilen dozdan daha fazlasını alan kişiler kanın pıhtılaşması ile ilgili sorunlar yaşayabilir.
Balık yağı takviyeleri ile yan etkiler genellikle nadir olmakla birlikte, bu takviyeleri yemeklerle birlikte almak veya kapsüllerin dondurulması genellikle WebMD'ye göre sık görülen yan etkileri azaltır.
WebMD'ye göre, balık yağı takviyeleri, hamile ve emziren kadınlar da dahil olmak üzere çoğu kişi için güvenlidir, ek düşük dozlarda alındığı sürece. Yüksek miktarda balık yağı bağışıklık sisteminin aktivitesini ve enfeksiyonla mücadele yeteneğini azaltabildiğinden, ilaç kullananlar ve yaşlılar, aldıkları balık yağı miktarını dikkatle izlemelidir. Bu akılda tutulması şartıyla, HIV /AIDS veya diğer bağışıklık sistemi rahatsızlıklarına sahip olanlar, yüksek dozda balık yağı takviyesi almaktan kaçınmalıdır.
Karaciğer hastalığına sahip bireyler, balık yağı karaciğerde yara izi olan kişilerde kanama riskini artırabileceğinden dikkatli bir şekilde ilerlemelidir, WebMD'yi belirtir. Balık yağı takviyeleri, depresyon, bipolar bozukluk ve diyabet semptomlarını artırabilir ve halihazırda kan basıncını düşürücü ilaçlar alanlarda kan basıncını çok fazla düşürebilir.
