Patagonia, Güney Amerika'nın güney ucunda, Şili ve Arjantin tarafından paylaşılan bir araziden oluşan bir bölgede yer almaktadır. İki okyanus kıyı şeridi de dahil olmak üzere, coğrafi açıdan çok çeşitli And Dağları, çöller, bozkırlar ve otlaklar.
Patagonya'nın kuzey kenarı, her ikisi de Pasifik kıyılarındaki And Dağları'ndan doğuda Atlantik Okyanusu'na uzanan Colorado ve Barrancas nehirleri ile işaretlenmiştir. Patagonya, Güney Amerika kıtasının güney ucunu işaretleyen Magellan Boğazı'na kadar güneye uzanır. Patagonya'nın toplam alanı 1 milyon kilometrekareden biraz fazla.
