New York, New Jersey, Pennsylvania ve Delaware’in asıl yerleşimcilerin birçoğu, dini inançlarına zulmedildikleri Avrupa ülkelerinden gelen göçmenlerdi. Bunların arasında Quaker, Lutherans, Anglikan, Baptist ve Hollandalı Mennonite grupları vardı ve her biri kendi pratik ve inançlarına sahipti. Ulusal Beşeri Bilimler Merkezi'ne göre, bu dini çoğulculuk, orta sömürgelerin çeşitli, dini açıdan hoşgörülü kültürünü yaratmada rol oynadı.
USHistory.org, bir alanda bu kadar çok farklı dini grubun varlığının, orta kolonilere bir imanın hakimiyetini nasıl imkansız hale getirdiğini anlatıyor. Her biri eşit bir zulüm riski yaşadığından, çeşitli gruplar büyük ölçüde birbirlerine tolere ettiler. Sömürge Amerika'nın ilk günlerinde, orta sömürgeler İngiliz Puritanizminin egemen olduğu kuzey sömürgeler ve Anglikanizmin en yaygın olduğu güney sömürgeleri arasında bir tampon görevi gördü. Orta sömürgeler dini muhaliflere karşı daha hoşgörülü oldukları için, kuzeye veya güneye zulüm görmekten korkanlar bu sömürgelere gidebilir ve daha fazla kabul görebilirler.
Orta kolonilerdeki tek tek şehirlerde bile, büyük bir dini çeşitlilik vardı. Örneğin, Ulusal İnsani Bilimler Merkezi, 1771'de çizilen New York City silüetinin bir görüntüsünü gösterir. Haritada 18 farklı ibadet evi bulunmaktadır. Bu görüntünün tek başına temsil ettiği dinler Hollanda Reformu, Anglikan, Presbiteryen, Lüteriyen, Fransız Huguenot, Cemaat, Metodist, Baptist, Quaker, Moravyalı ve Yahudiydi.