Nijerya Bayrak Vakfı'na göre, Nijerya'nın bayrağının merkezi dikey beyaz şeridi barışı ve birliği temsil ediyor ve ülke içinde akan ve adını veren Nijer Nehri'ne hitap ediyor. Beyaz bölümü çevreleyen yeşil çizgiler Nijerya'nın gür tarımını simgeliyor.
Nijerya bu bayrak tasarımını gayri resmi olarak 1959'da kabul etti. Londra'da yaşayan bir Nijeryalı mühendislik öğrencisi olan Michael Taiwo Akinkunmi tarafından tasarlandı. Kütüphanede bir Nijeryalı gazetesini okurken ulusal bayrak yarışması için bir ilan gördükten sonra önerisini sundu. Akinkunmi'ye göre, İngiltere'ye uçarken Nijerya'nın yeşil alanlarının göründüğünden ilham aldı.
Başlangıçta, tasarım orta beyaz bölümde uzun ve kısa ışınları değiştiren stilize bir kırmızı güneş içeriyordu, ancak hakimler bu öğeyi atladılar. Akinkunmi'nin bayrağı yaklaşık 3.000 giriş arasından seçildi. 100 pound'luk ödül, Londra'daki Nijerya Büyükelçiliği'nde kendisine verildi.
Nijerya 1 Ekim 1960’ta bağımsız bir ülke oldu. Aynı gün sabah saat 12: 00’de, Akinkunmi’nın yeşil ve beyaz tasarımı, ülkenin bayrağını olarak bayrak direğini çalıştırarak Büyük Britanya bayrağının yerini aldı.