Mississippi'deki başlıca arazi formları arasında Mississippi Ovası; Kıyı Ovası; kıyı sulak alanları; Mississippi, Pearl, Big Black ve Yazoo nehirleri; Ross Barnett Rezervuarı; Mississippi Sesi; ve Enid, Grenada ve Sardis gölleri. Diğer önemli yeryüzü şekilleri arasında Pascagoula Nehri, Tombigbee Nehri, Arkabutla Gölü, Cumberland Dağları, Bay St. Louis, Bay Biloxi, Bay Pascagoula ve Mississippi Deltası bulunur.
Mississippi'deki en yüksek kot, deniz seviyesinden 807 feet yükseklikte bulunan ve en düşük kot körfez kıyısında deniz seviyesinde bulunurken, Woodall Dağı'ndaki Cumberland Dağları'nın eteklerindedir. Doğu Körfezi Kıyı Ovası, Çam Tepeleri ve Kuzey Merkez Tepeleri'nin alçak tepeleri dahil, devletin çoğunu kapsıyor. Sardis Gölü, 98.520 dönümlük bir yüzölçümüne ve 1.51 milyon dönüm fitlik hacme sahip Mississippi'deki en büyük göldür. Küçük Tallahatchie Nehri tarafından beslenir. Mississippi Deltası, Mississippi Nehri ve Yazoo Nehri tarafından sınırlanan bölgedir ve Mississippi alüvyon ovasının bir parçasıdır. Eyaletteki en uzun nehir, 450 kilometrelik bir yolun ardından Meksika Körfezi'ne giren Pearl Nehri. Mississippi Sound, Petit Bois, Cat, Ship ve Horn adaları da dahil olmak üzere, Körfez Adaları Ulusal Sahilinin bir parçası olan birkaç küçük adaya ev sahipliği yapmaktadır.
