Megyn Kelly'nin iki kocası var. O ve ilk kocası Daniel Kendall, 2006'da boşandı ve 2008'de Douglas Brunt ile evlendi. O ve Bay Brunt, üç çocuğu var.
Megyn Kelly, FOX Haber Kanalı'nda "The Kelly File" adlı avukat ve ev sahibi. 2001 yılında bir anestezi uzmanı olan Dr. Kendall ile evlendi ve ikisi yaklaşık beş yıl boyunca evlendi. Çiftin çocuğu yoktu.
1 Mart 2008'de Bayan Kelly, kör bir tarihte tanıştığı bir İnternet güvenlik yöneticisi olan Douglas Brunt ile evlendi. 2009'da bir oğlu, 2011'de bir kızı ve 2013'te bir başka oğlu vardı.