Kalem sürücüler bilgisayarlar arasında dosya aktarımı yapmak için kolay bir yol olsa da, kötü amaçlı yazılımlara bulaştırmak için de bir vektör olabilir. Otomatik oynatılmış herhangi bir bilgisayar, virüslü dosyaları otomatik olarak bir kalem sürücüde çalıştırabilir , bir enfeksiyon tetiklenmesi. Pen sürücüler ayrıca, diğer medya türlerine kıyasla nispeten kısa bir ömre sahiptir, çünkü flash belleğin her hücresi yalnızca belirli bir sayıda yeniden yazma işlemini kabul edebilir.
Kalem sürücüler ayrıca PC donanımıyla da sınırlandırılabilir. Dosyaların okunma veya yazılma hızı, herhangi bir PC'de kurulu olan USB sürümüne bağlıdır. USB 2.0 saniyede yaklaşık 60 megabayt aktarabilir ve bu da büyük dosyaların aktarılmasını sıkıcı bir iş haline getirebilir. Öte yandan USB 3.0, saniyede 640 megabayta kadar hızlara ulaşabilir. Bununla birlikte, çok az sayıda kalem sürücü bu maksimum hız sınırına ulaşabilir ve bu da kullanıcıları mümkün olan en hızlı kalem sürücüyü mümkün kılmak için spesifikasyonlara dikkat etmeye zorlar.
Kalem sürücüler ayrıca donanım arızasına eğilimlidir. Bir kalem sürücünün içi genellikle USB fişine lehimlenmiş bir devre kartıdır ve bu aygıtlar bilgisayarın yanından veya önünden çıktıklarından, kolayca çarpılabilir veya çarpılabilirler. Birleşim noktası en zayıf nokta ve bir arıza noktasıdır; bu da USB bağlantısını kesmeyi ve sürücüyü işe yaramaz hale getirmeyi kolaylaştırır.
