Tarihçiler, Juan Ponce de Leon'un ailesinin kim olduğundan emin değiller ama Cadiz'in Markişi olan Rodrigo Ponce de Leon ile ilgili olduğuna inanıyorlar. Aslen 1460'da doğmuş, diğer kanıtlar ise 1474'te doğduğunu düşündürmüştür.
Ponce de Leon'un, Nunez de Guzman ailesi ile de ilişkili olduğu düşünülmektedir. İlk yıllarında, Calatrava Nişanı Şövalye Komutanı Pedro Nunez de Guzman için bir sele olarak çalıştı. İspanyol tarihçi Gonzalo Fernandez de Oviedo ve Valdes’e göre, Ponce de Leon, ilk yıllarında Granada’da Moors’un yenilmesine yardım ettiğinde deneyimli bir asker oldu.
