Japonya, Pasifik Okyanusu, Filipin Denizi, Kore Boğazı, Doğu Çin Denizi ve Japonya Denizi ile çevrilidir. Japonya Denizi, Japonya'nın batısına, Pasifik Okyanusu ve Filipin Denizi ise doğusu. Doğu Çin Denizi güneyde ve Kore Boğazı Japonya'yı Kore'den ayırıyor.
Japonya, Doğu Asya'da dört ana adadan oluşan bir ülkedir: Hokkaido, Honshu, Şikoku ve Kyushu, ayrıca küçük adalardan oluşan bir archepalego. Genel olarak, ülkenin alanı Kaliforniya eyaletinden biraz daha küçük. Kıyı şeridi yaklaşık 29,751 kilometredir. Japonya'nın arazisi çoğunlukla 3,776 metrede en yüksek noktası olan Fuji Dağı ile dağlıktır. Başkent ve en büyük şehir (2014 itibariyle) Tokyo'dur.
