Japonya, kıtanın Asya’sının bir parçasıdır. Rusya’nın, Çin'in ve Kuzey ve Güney Kore’nin sularının doğusunda bulunan bir ada ülkesidir.
Japonya'yı Asya ülkelerinin ana ülkelerinden ayıran su kütleleri arasında Japonya Denizi, Doğu Çin Denizi ve Okhotsk Denizi bulunmaktadır. Japonya'nın doğusundaki sular Kuzey Pasifik Okyanusu'nun bir parçasıdır. Japonya, 18.486 mil sahil şeridi ile toplam 145.925 mil kare alana sahiptir. Japonya'nın ana adası Shikoku, Hokkaidō ve Kyūshū gibi diğer büyük adalarla birlikte Honshū. Ülke toplam 2.456 adadan oluşuyor.