Japonya Denizi, Asya kıtasının kuzeydoğu kesimi boyunca Japonya ve Kore arasında yer almaktadır. Doğu Çin Denizi'ne yakın güneydeki Tsushima ve Kore Boğazları ve Tatar Okhotsk Denizi'nden kuzeye doğru yürür.
Japonya Denizi olarak bilinen su alanının hiçbir zaman bir resmi adı olmamıştır. Dünyanın çeşitli bölgelerinde Doğu Denizi, Kore Denizi, Japonya Denizi ve Doğu Denizi olarak bilinir. Bununla birlikte, bu gerçeğe, Japonya'nın Uluslararası olarak yerleşik bir isim olarak ısrar etmesi için ısrar eden Japonya Dışişleri Bakanlığı tarafından itiraz edilmektedir.
Japonya Denizi 377.600 mil kare alana sahiptir. Ortalama derinliği 5.748 feet ve maksimum derinliği 12.266 feet. Japonya, kıyıdaki deniz kıyılarını Hakusan Bankaları, Sado Sırtı, Okujiri Sırtı, Wakasa Sırtı ve Oki Sırtı'ndan oluşan gruplara ayırıyor.