1942-1945 yılları arasında Filipinlerin Japon işgali sırasında, Filipinliler tarafından geniş çapta kızartıldı; II. Dünya Savaşı'nın sona ermesinden bu yana Filipin ekonomisinin artırılmasına yardımcı olan hayati bir ticaret ortağı . Japonya ayrıca 1980'de yeni Filipin hükümetine destek sağladı. Son zamanlarda Japonya, Tayfun Haiyan'dan sonra yeniden inşa etmek için Filipinler'e çok ihtiyaç duyulan yardımları sağlamıştır.
Japonlar, 8 Aralık 1941'de Filipinler'i ABD'ye karşı stratejik bir hamle olarak işgal etti. Bu istila, Pearl Harbor’a yapılan Japon saldırısından bir günden daha kısa bir sürede başladı ve sonunda Japonlar, Filipinler’de güçlü bir askeri varlığa sahne oldu. Japonlar savaştan sonra adalara bağımsızlık sözü vermiş olsa da, çoğu Filipinli vatandaş işgalciye kızdı ve bir çoğu aktif olarak Japonlara karşı savaştı. Sonunda, Japonlar teslim oldu ve 1945'te Filipinler'in kontrolünü kaybetti.
Savaşın sona ermesinden ve Japon işgalinden bu yana, Filipin-Japon ilişkileri güçlendi. Japonlar, Filipin ekonomisini yeniden inşa etmek ve canlandırmak için temel bir ticaret ortağı olarak görev yaptılar ve Japonlar 1980'lerde Filipin hükümetini yeniden inşa etmeye yardım etti. Japonya, özellikle Tayfun Haiyan'dan sonraki restorasyon döneminde Filipinler'e insani ve ekonomik yardım sağlamaya devam ediyor.
