Kromozomal anormallikler, bağırsak tıkanması, hamilelik sırasında kanama, kistik fibroz ve enfeksiyonlar ekojenik bağırsak nedenlerinden bazılarıdır. Dartmouth-HItchcock'a göre, bu rahatsızlığı olan bebeklerin çoğu normaldir ancak ekojenik bağırsak bazı anormalliklere bağlıdır.
Anne-Fetal Tıp Derneği, ekojenik bağırsakta hamileliğin ikinci trimesterinde rutin ultrasonların yaklaşık yüzde 0,2 ila 1,8 oranında göründüğünü söylüyor. Ekojenik barsak, bağırsak dokusu çevreleyen kemikten daha parlak göründüğü zaman teşhis edilir. Ekojenik bağırsak tanımlandıktan sonra, bir tıp uzmanı diğer anormallikleri aramak için derinlemesine bir ultrason muayenesi yapmalıdır. Bebeğin annesine ayrıca, bir fetüsü çevreleyen amniyotik sıvının analizi olarak WebMD tarafından tanımlanan amniyosentez yapma seçeneği de verilmelidir.
Bir fetüste ekojenik bağırsak varsa, annenin ek testlere ihtiyacı olabilir. Maternal serum taraması, bebeğin Down sendromu riskinin artmış olup olmadığını belirlemeye yardımcı olur. Kan testleri ekojenik bağırsaklara neden olabilecek bazı enfeksiyonların belirlenmesine yardımcı olur. Dartmouth-Hitchcock, birinin kistik fibrozis için bir taşıyıcı olup olmadığını belirleyen bir test olduğunu da söylüyor. Bu test, Avrupa kökenli insanları taramak için kullanıldığında yaklaşık yüzde 90 oranında doğrudur.