NTFS dosya sistemi özelliği, kullanıcılara yetkisiz veri erişimine karşı güçlü koruma sağlayan eksiksiz veri şifreleme sağlar; yalnızca parolasına sahip olanlar verilerin şifresini çözebilir. Windows platformlarında FAT32, paylaşılan klasörlerdeki basit izin yönetimini desteklerken, NTFS karmaşık izin yönetimi sunar.
Tek tek dosyalar herhangi bir dosya sisteminde şifrelenebilirken, NTFS sistem genelinde şifrelemeyi destekler. Bu, kullanıcılara önemli belgelerin korunmasını sağlamanın bir yolunu sunar, bu nedenle şifreleme protokolündeki gecikmeler veya şifreleme yazılımındaki güvenlik açıkları güvenlik açıklarına neden olamaz.
FAT32'li izin modelleri için destek, hedef işletim sistemine göre değişiklik gösterir, ancak Windows işletim sistemleri genellikle paylaşılan klasörler için yalnızca ağ düzeyinde izin yönetimine izin verir. Çok kullanıcılı sistemlerde, bilgilerini diğer kullanıcılardan korumak isteyen kullanıcıların verilerini şifrelemeleri gerekir.
İzinsiz erişime karşı daha iyi güvenlik sağlamanın yanı sıra, NTFS ayrıca FAT32'den daha iyi dosya bütünlüğü güvenliği sağlar. NTFS bir veri işlem günlüğü depolar; girişler bilgi taşınmadan, silinmeden veya kopyalanmadan önce saklanır. Bilgisayar bu işlem sırasında güç kaybederse, kayıt defteri kaybolan bilgilerin geri yüklenmesine ve görevi tamamlamasına yardımcı olabilir. Öte yandan, FAT32 bölümleri veri bozulmalarına karşı savunmasızdır. Bu bozulma genellikle düzeltilebilir, ancak veriler hala kaybedilebilir.
