Rio Negro, Jurua Nehri ve Madeira Nehri, Amazon Nehri'nin ana kollarıdir. Amazon Nehri ile bir şekilde veya başka şekilde etkileşime giren 17'den fazla büyük su kütlesi vardır.
Amazon Nehri 4.000 milden daha fazla alana sahiptir ve bazıları diğerlerinden çok daha küçük olan yaklaşık 1.100 koldan oluşur. Rio Negro en büyüklerinden biridir ve su akışı açısından, dünyanın en büyük ikinci nehrinin rekorunu elinde tutar. En derin noktalarından bazılarında, bu nehir 300 metre derinlikte akar ve nehrin ağzı Brezilya, Manaus'ta bulunur. Jurua ve Madeira diğer ana kolları ve bunların ikisi de 2000 kilometreden uzun.
Amazon'un diğer büyük kollarından bazıları Japura, Purus ve Xingu nehirleridir. Bu nehirlerin tümü en az 1.000 mil uzunluğundadır.
Modern yollar ve diğer altyapılar geliştirilmeden önce, kollar Güney Amerika'nın çeşitli bölgelerine ulaşmanın ana yoluydu. Bu kollar, malların kıtadaki ülkelere girip çıkarılmasını da sağladı.
Amazon Nehri havzası yılda ortalama 7 metreden fazla yağmur görür, ancak nehrin bazı bölgelerine 1 yıllık bir süre boyunca 20 metreden fazla yağmur yağabilir.
