Yunanistan, İyon Denizi, Akdeniz, Girit Denizi, Trakya Denizi ve Ege Denizi dahil olmak üzere geniş su kütleleri ile çevrilidir. Ülkenin birçok adaları bu beş denizde bulunur.
Yunanistan’ın iç kısmında, birkaç önemli göl vardır. En büyük göller arasında Prespa Gölleri, Trihonida Gölü ve Pamvotida Gölü bulunur. Ülke aynı zamanda Evros, Axios, Pineios ve Acherodas da dahil olmak üzere çok sayıda nehirlere ev sahipliği yapıyor. En doğal manzaralı olanlardan biri İskeçe'deki Nestos Nehri'dir. Daha az su hacmine sahip olan nehirler, her yaz sıcaklık yükseldiğinde kuruma eğilimindedir.
