Yeni İngiltere Kolonileri'nin coğrafyası çeşitlidir. Bazı New England eyaletlerinde kayalık toprak, engebeli manzaralar ve kalın ormanlar bulunurken, diğerleri düz ve zengin topraklara sahiptir. Güney kolonileri batıda Appalachian Dağları ile sınırlandırılmıştır ve Pennsylvania dışındaki tüm koloniler doğuda Atlantik Okyanusu ile sınırlanmıştır.
Yeni İngiltere Kolonileri üç bölgeye ayrılır: New England, orta koloniler ve güney koloniler. New England'ın genellikle Connecticut, Maine, Massachusetts, New Hampshire ve Rhode Island eyaletlerini içerdiği düşünülmektedir. Bu alan aşırı derecede kayalık olduğu için tarıma elverişli değildir. Ayrıca, kırsal alanların çoğu ormanlarla ve ormanlarla kaplıdır. New England'ın iklimi diğer bölgelerden çok daha soğuktur ve kışlar daha uzun süre dayanır.
Orta koloniler arasında Pennsylvania, New Jersey, Delaware ve Maryland eyaletleri bulunur. Bu bölge, Appalachian Dağları sınırına yakın düz çiftlik arazileri ile kalın ormanların bir karışımına sahiptir. Orta koloniler, Delaware Nehri ve Hudson Nehri de dahil olmak üzere karmaşık bir nehir sistemine sahip olması bakımından da dikkat çekicidir. Güney kolonileri, Virginia, Kuzey Carolina, Güney Carolina ve Georgia, coğrafya bakımından orta kolonilere çok benzer. Bununla birlikte, güney kolonileri Appalachian Sıradağlarına daha yakındır ve iklim daha sıcak ve kuraktır.
