Hidroponiklerin bazı avantajları, minimum su ve gübre kullanımı, düşük bakım gereksinimleri, yüksek mahsul verimi, alan verimliliği ve zorlu koşullarda ve yıl boyunca bitki yetiştirme yeteneğini içerir. Topraksızlığın dezavantajı, sistemi kurmanın ve çalıştırmanın yüksek maliyetidir.
Hidroponik bir sistem, su doğrudan bitki köklerine sağlandığı için su kullanımını azaltır. Sistem ayrıca sulama suyunun geri dönüşümüne izin verir. Bitki köklerine su verildiğinden, akma sırasında gübre kaybını en aza indirerek gerekli gübre miktarını azaltır.
Diğer bir avantaj, sistemin düzenli yabani ot sökme gerektirmemesidir. Aydınlatma, besin ve pH seviyeleri bir hidroponik sistemde kontrol edildiğinden yetiştirici, büyüme süreci üzerinde daha iyi kontrole sahiptir ve bitkileri kirletici maddelerden ve zararlı böceklerden daha kolay koruyabilir. Sonuç olarak, bir hidroponik sistemden elde edilen mahsul verimi yüksektir. Ek olarak, bitkiler uygun koşullarda daha hızlı büyür, bu da belirli bir zaman dilimindeki büyüme döngüsünün sayısını artırır.
Hidroponik sistem, toprak kalitesi, güneş ışığı mevcudiyeti ve mevsimlerin değişmesi gibi dış çevre koşullarına bağlı olmadığından, bitkilerde çöllerde, toprak kalitesinin düşük olduğu bölgelerde ve yıl boyunca yetiştirilebilir. Ayrıca, hidroponiklerle yetiştirilen bitkilerin daha küçük kökleri vardır ve bu da birbirlerine yakınlaşmalarını sağlar.
Ancak, topraksız bir bahçe kurmanın maliyeti, toprak bazlı bir bahçenin başlatılması için gerekenden daha yüksektir. Sistem daha fazla emek gerektirdiğinden, işletme maliyetleri de yüksektir. Büyük ölçekli kurulumlar küçük olanlardan daha uygun maliyetlidir.