Sahara Çölü, Cezayir, Çad, Mısır, Libya, Mali, Moritanya, Fas, Nijer, Batı Sahra, Sudan ve Tunus'taki Afrika ülkelerinin büyük bölümünü kapsıyor. Çöl, Afrika kıtasının dörtte birini kapsayan 3,6 milyon kilometrekarelik bir alana sahip.
Sahara Çölü, Libya Çölü, Ténéré Çölü, Batı Sahrası, Ahaggar Dağları, Tibesti Dağları ve El Dağları gibi daha küçük coğrafi bölgelere ayrılmıştır. Çölde en yüksek rakım kuzey Çad'ın Tibesti Dağları'nda. Zirveye Emi Koussi denir ve deniz seviyesinden 11.204 fit yüksekliğe çıkar.
Sahara doğuda Kızıldeniz ve batıda Akdeniz ve Atlantik Okyanusu ile sınırlıdır. Güneyde Sudan ve Nijer Nehri vadisinin bir parçası olan Sahel olarak bilinen çimenli bir alanla sınırlandırılmıştır. Sahara’nın Nubya Çölü olarak bilinen kısmı Sudan'ın kuzeydoğusunda, Kızıldeniz ve Nil Nehri ile sınırlıdır. Tanezrouft olarak bilinen çölün bir diğer bölgesi, Hoggar dağlarının hemen batısındaki Mali, Nijer ve Cezayir sınırı boyunca yer almaktadır. Doğu Çölü, Mısır, Sudan ve Etiyopya'nın bazı bölgelerinde bulunur.
