Saç boyaları, küçük bir kullanıcı yüzdesinde küçük veya şiddetli alerjik reaksiyonları tetikleyebilir. Ayrıca uzun süre ve sık kullanımda kuru, kırılgan saçlara ve saç kırılmasına neden olabilirler. Amerikan Kanser Derneği’ne göre, kişisel saç boyası kullanımı ve kanseri ilişkilendiren kanıtlar sınırlı ve çelişkili. 2014 yılı itibariyle yarı kalıcı ve kalıcı saç boyalarının kişisel kullanımı kanser için bilinen bir risk faktörü olarak kabul edilmemektedir.
Bununla birlikte, profesyonel kuaförlerin endişe kaynağı olabilir. Amerikan Kanser Derneği’ne göre, yapılan birçok çalışma, işyerinde saç boyası kimyasallarına maruz kalmanın biraz yüksek mesane kanseri riskine yol açabileceğini öne sürdü. Bu bulgular Uluslararası Kanser Araştırma Ajansı'nın saç boyalarına mesleki olarak maruz kalma olasılığını kanser için olası bir risk faktörü olarak tanımlamasına yol açmıştır.
Potansiyel olarak ciddi fakat nadir görülen bir diğer yan etki, ticari saç boyalarında yaygın bir bileşen olan kimyasal parafenilendiamine karşı alerjik bir reaksiyondur. Bu alerji 250.000 kişiden birini etkiler ve alerji öyküsü olanlar kimyasal boya kullanmaya özellikle dikkat etmelidir. Saç boyalarına karşı alerjik bir reaksiyon kendini kaşıntılı, yüzün ve boynun etrafındaki kırmızı kızarıklık ve daha az sıklıkla saç derisinde ve kızarıklıkta yüzün aşırı şişmesi şeklinde ortaya çıkabilir. Alerji zamanla daha şiddetli hale gelebilir, bu da kabarma, kurdeşen ve solunum zorluğu ile sonuçlanabilir ve sürekli kullanım ölümcül olabilir.
