Onu yapan insan yapımı kanal olan en bilinen özelliğine ek olarak, Panama Cumhuriyeti engebeli dağlar, kıyı ovaları ve tepeler içermektedir. İnce toprak şeridi 29,157 mil kareden oluşan ulus, Kuzey Amerika ve Güney Amerika kıtalarını birbirine bağlayan bir efsanedir. 1914 yılında tamamlanan Panama Kanalı, gemilerin Panama İsthmus'unun kuzeyine ve güneyinde uzanan Atlantik ve Pasifik Okyanusları arasında geçiş yapmasını sağlar.
Panama, Orta Amerika’nın en güney ülkesidir ve Güney Amerika tarafında Kolombiya ve Orta Amerika tarafında Kosta Rika ile sınırlanmıştır. Ülkenin iç dağ ve tepelerdeki merkezi omurgası, ülkenin baskın topografik özelliğidir. Bu omurganın tepeleri volkanik sızmalardan oluşmuş ve dağ bölgesi deniz dibinden kaynaklanan bir yükselişin sonucudur. Kosta Rika'dan kuzeybatıda ve kanala kadar uzanan tüm dağ silsilesi genel olarak Cordillera Central olarak adlandırılır. Panama'daki en yüksek nokta, 11,401 fit'teki Volcan Baru dağının zirvesidir.
Panama’nın Kolombiya’yı çevrelediği noktada, Darien Gap adında, geçilmez bir orman var. Bu bölge, Alaska’yı Güney Arjantin’deki Patagonya bölgesine bağlayan tüm Pan-Amerikan otoyol sistemindeki tek ara
