Ninja harmanlayıcıları temizlemek için hiçbir araç gerekmez. Mega Mutfak Sistemi, Profesyonel harmanlayıcı, Nutri Ninja ve Ultimate harmanlayıcıların tümü aynı temizlik yöntemlerini gerektirir. Motor tabanı nemli bir bezle silinerek temizlenir ve sürahiler, kapaklar, bıçaklar ve ek parçalar bulaşık makinesinde yıkanabilir.
Sürahi bulaşık makinesinin alt rafında temizlenirken, daha küçük parçalar üst rafa yerleştirilir. Bir Ninja karıştırıcısını temizlemenin bir başka yolu, dörtte üçünü ılık suyla doldurmak, az miktarda bulaşık yıkama sıvısı eklemek, kapağa koymak ve birkaç kez PULSE düğmesine basmaktır. Blender temizlendikten sonra, tüm bileşenler akan su altında durulanır. Blender, parçalar iyice kuruyana kadar saklanmamalıdır.
