Nil Nehri ve komşu gölleri, levrek, yayın balığı ve tilapia dahil 100'den fazla balık türüne ev sahipliği yapmaktadır. Tilapia ve levrek, hızlı üreme döngüsü olan popüler gıda balıklarıdır. Nil balığı balığı nehrin dibinde yaşar ve aynı zamanda yenilebilirdir, ancak pek çok kültürde popüler değildir, çünkü ölü ve ölmekte olan balıkları ve nehir yatağına batan diğer malzemeleri yerler.
Nil levrek agresif avcılardır. Yetişkin örnekler, her iki tarafta da ince mavi çizgili gümüşdür. Genellikle 5 feet uzunluğundadır ve 300 pounddan daha ağırdır. Bu sert balıklar spor balıkçıları arasında popülerdir ve Nil havzasında ve çevresinde turizm endüstrisinin önemli bir bileşenidir.
Gümüş cyprinids, Nil'in ekosisteminde de bol miktarda bulunur. Bu ışın yüzgeci balıklar Nil'in en büyük ve en önemli kaynaklarından biri olan Victoria Gölü'nde yaşıyor. Kıbrıslılar gecedir ve özellikle bulutlu veya aysız gecelerde ışık saçan yemlere ilgi gösterir. Bu balıklar, Uganda, Tanzanya ve Kenya'daki insanlar için en önemli protein kaynaklarından biridir.
Diğer birçok hayvan da Nil'de ve kıyıları boyunca yaşar. Bunlar, hipopotamları ve gergedanları içerir. Suaygırları, insanlara karşı aşırı saldırganlığı, dikkat çekici koşu hızı ve son derece güçlü çeneleri nedeniyle özellikle endişe duyuyorlar.