Kuzey Carolina’dan geçen ana nehirlerin bazıları Cape Fear Nehri, Catawba Nehri ve Yeni Nehir. Eyalette 200’den fazla nehir var.
Cape Fear Nehri 202 mil uzunluğundadır ve Kuzey Carolina'da tamamen koşması en uzun nehirdir. Aynı zamanda 9.000 mil kare büyük nehir havzasına sahiptir. Catawba Nehri 224 mil uzunluğundadır. Blue Ridge Dağları'nda başlar ve sonunda Wateree Nehri olduğu Güney Carolina'ya akar.
Yeni Nehir, Amerika Birleşik Devletleri'nde tamamen kuzeye akan tek büyük nehirlerden biridir. 10 ila 360 milyon yıl önce kurulan, Kuzey Amerika'daki en eski nehirlerden biri olduğuna inanılıyor; bazı jeologlar, dünyanın ikinci en eski nehri olduğuna inanıyor.