Kuyu sisteminde bakım eksikliği olduğunda kuyu suyu kirlenebilir, bu da bozulmaya yol açabilir. Kuyuların temizlenmesi gerekebilir, çünkü bazı insanlar bunu asla yapmaz. Kirlenebilir.
Bu, kuyunun uygun şekilde temizlenmemesi durumunda yalnızca birkaç yıl içinde gerçekleşebilir. Çok fazla demir, manganez ve hidrojen sülfür gazı kuyu suyunun kirlenmesine neden olabilir. Bu sorunu yaşayan insanlar, su sistemlerinden gelen hoş olmayan bir koku görebilir. Bu, bir evi kanalizasyona benzeyen veya kükürtlü bir koku ile doldurmak önemli bir sorun olabilir.
Wells, koliform ve diğer bakteri türleri gibi bakterilerle de kirlenebilir. Suda ne kadar bakteri bulunduğunu bulmak için heterotrofik bir plaka sayımı kullanılabilir. Bu test çok belirgin olmasa da, kuyunun durumunun iyi bir özetini verir.
Bakteriler sorun olduğunda, kuyular temizlenmeli ve dekontamine edilmelidir. Bu yapılmazsa, kuyu bakteriler için üreme alanı haline gelir. Bakteriler yıkanmaya çalıştıklarında yıkanmış giysilerin yanı sıra tabaklar, aletler ve insanların vücutlarına girebilirler. Bu sadece kirli değil, sağlıksız, bu bakteriler hastalıklara neden olabilir.