Kenya'nın başlıca doğal kaynakları arasında balıkçılık, su, ormanlar, sulak alanlar, biyolojik çeşitlilik ve çeşitli mineraller bulunur. Bu mineraller kireçtaşı, değerli taşlar, tuz, çinko, alçıtaşı, diatomit, kireçtaşı ve diğerleridir.
Kenya'nın doğal kaynak temeli, tarım, ticaret, turizm ve insan yerleşimleri gibi sosyoekonomik faaliyetlerden kaynaklanan tehditlerle karşı karşıya. Ülke aynı zamanda insan kaynaklı atıklardan kaynaklanan su kirliliği, kaçak avlanma ve ormansızlaşma ile de karşı karşıya kalmaktadır. Kimyasal gübre ve böcek ilaçlarının kullanılması da su kalitesinin düşmesine neden olmaktadır. Arazi ve doğal kaynakların kullanımına ilişkin yasaların yetersiz olmasından dolayı Kenya, eşitsizliğe ve yaygın yoksulluğa yol açan arazi uyuşmazlıklarının yanı sıra yetersiz kaynak ve arazi yönetimi yaşadı.
Kenya'nın coğrafyası Büyük Rift Vadisi'ne giden yaylalara yükselen alçak ovalardan oluşmaktadır. Kenya'nın iki büyük nehri Tana ve Galana'dır ve ülkenin batı tarafında verimli bir plato bulunur. Arazinin yüzde 1'inden fazlası kalıcı mahsuller tarafından işgal edilmekte, ancak yüzde 9'undan fazlası ekilebilir.
Kenya, yağışlı mevsimlerde su basarken, yılın diğer zamanlarında şiddetli kuraklıkla karşı karşıya kalır. Bazı volkanik faaliyetler de var ve ülkenin jeolojisinin çoğu Büyük Rift Vadisi boyunca sürtüşme tektoniğinin hakimiyeti altında.
