Entegre haşere yönetiminin veya IPM'nin bazı dezavantajları, kullanımının düzenli olarak izlenmesini gerektirmesidir, tüm haşereler için kullanılamaz, spreylerin ne zaman kullanılacağını belirlemek zor olabilir, herkesle çalışmaz ortamlar ve pratisyenler IPM'nin nasıl çalıştığını anlamak ve uygulamaları tutarlı bir şekilde takip etmek zorundadırlar.
IPM'nin bazı avantajları da vardır. İlk olarak, kimyasalları püskürten insanlar, kimyasal maddeler sık sık püskürtülmeyeceğinden sağlık riskleri daha az olacaktır. İkincisi, gelecekte kimyasal kullanıma ihtiyaç duymayacaksınız. Ayrıca, daha az pestisit direnci ve kirlenme olacaktır.
