Kendi kendini temizleyen bir fırın mutfakta çok fazla zaman ve zahmetten tasarruf sağlarken, aşırı kirli fırınlar önceden bir miktar ön temizlik gerektirir. Kendi kendini temizleme döngüsünü aşırı miktarda kir ile çalıştırmak birden fazla döngü gerektirebilir ve hatta fırının içindeki yüzeylere bile zarar verebilir.
Kendi kendini temizleme döngüsü yiyecek artıklarını yakmak için aşırı ısı kullanır. Bazı dökülme türleri yüksek sıcaklıkta sorunlu hale gelir. Şekerli tortu, fırının yüzeyinin içini bir araya getirerek alevlere dönüşebilir. Çok fazla dağınıklıkta sıkışmış olması hava akışını engelleyebilir ve bu da elemanların aşırı ısınmasına ve muhtemelen elektriksel bir arızanın tetiklenmesine neden olabilir. Ne kadar çok malzeme çıkarılırsa, fırının onu yakmak için o kadar uzun çalışması gerekir.