Coğrafi bilgi sistemi veya GIS kullanmanın dezavantajları, teknik yapısının sonuçları gerçekte olduğundan daha güvenilir olarak gösterebileceği ve hataların ve varsayımların gizlenebileceği, sonuçlar. Bir GIS’in sonuçlarını analiz etmenin bir diğer dezavantajı, sonuçların yalnızca geldikleri veriler kadar doğru olacağı yönündedir. Bu nedenle, özellikle geçerli değilse veriler farklı bağlamlarda sunulamayabilir.
Örneğin, bir CBS’deki girdi verileri ilçe düzeyinde girilirse, CBS’deki sonuçlar ilçe veya koğuş seviyeleri gibi diğer hiçbir seviye için değil, ilçe düzeyinde kullanılabilir. Veri kullanılabilirliği, kendi içinde de önemli bir konudur. Veriler mevcut değilse, GIS sisteminden daha yararsızdır.
Ayrıca, GIS sistemleri diğer programlara benzemez. "Raftan" çıkmazlar, bu da bir kullanıcı tasarımına monte edilmeleri ve inşa edilmeleri gerektiği anlamına gelir. Bu uzun, karmaşık ve maliyetli bir süreç olabilir. Bu nedenle, birçok GIS sistemi uygulamalarında meyve vermedi veya tam anlamıyla başarısız olmadı, çünkü onların yaratılışları koştu veya yetersiz planlandı.
GIS sistemleri genellikle o kadar karmaşıktır ki, aslında, sağlayabilecekleri maddi olmayan faydaları tanımlamak zorlaşır, bu da yaratılması için finansman bulmayı zorlaştırır. Ayrıca, GIS teknolojisinin ardındaki teknoloji hızla genişleyerek CBS sistemlerinin yüksek oranda eskimeye sahip olmasını sağlıyor. Hem hızlı hem de kullanıcı dostu olan GIS programlarını yapmak da çok zor. GIS sistemleri tipik olarak karmaşık bir komut dili gerektirir. Veri alanları ve erişilebilirlikleri de çok iyi anlaşılmamıştır ve veriler CBS'yi yanıltıcı hale getirerek eksik, eskimiş veya hatalı olabilir.
