Amazon Appstore'dan ücretsiz uygulamaları doğrudan mağazadan indirildikleri sürece indirmek güvenlidir. Bu uygulamalar Google Play'de olduğu gibi benzer bir işlemden geçirilir.
Amazon Appstore'daki uygulamalar güvenli olsa da, yükleme işlemi Android kullanıcılarına güvenlik açıkları getirir. Uygulama yüklemek için kullanıcıların yan yükleme olarak bilinen bir işlem olan bilinmeyen kaynaklardan uygulamaları yüklemek için Android cihazının güvenlik ayarlarını değiştirmesi gerekir. Ayarlandığında, Android cihazı kullanıcının yalnızca Amazon Appstore'dan değil kaynağından bağımsız olarak bir uygulama yüklemesine izin verir. Yalnızca belirli bir pazardaki uygulamalara izin veren geçerli bir Android özelliği yoktur.
Kötü amaçlı yazılımların çoğu üçüncü taraf sitelerden gelir, ancak e-postalara ek olarak da gönderilebilir. Genellikle, bir Android cihaz, Google Play'den kaynaklanmayan herhangi bir uygulamayı yüklemeyi reddederek kullanıcıyı savunur. Ancak, bu özellik Amazon Appstore'dan uygulama yükleme sürecinde devre dışı bırakılarak bir güvenlik açığı yaratılır. Halen dolaşımda olan binlerce kötü amaçlı Android uygulaması var ve bunların çoğu üçüncü taraf sitelerden geliyor.
Bu sorunu önlemek için kullanıcılar, Amazon Appstore uygulamasından yüklenir yüklenmez güvenlik özelliğini yeniden etkinleştirmeli ve bilinmeyen kaynaklardan gelen yüklemeleri kaldırmalıdır. Bu, amaçlanan uygulamaları yüklemediğinizde cihazı korur.