Mavi balina avcılığı, Uluslararası Balina Komisyonu tarafından yasaklandı ve mavi balina, IUCN'in Nesli Tükenmekte Olan Türlerin Kırmızı Listesi ve ABD'deki Tehlike Altındaki Türler Yasası tarafından tehlikeye girenler arasında listeleniyor. Diğer koruma çabaları, uydu etiketlerine ve gemi gözlemcileri.
Boyutları nedeniyle, balina avcılarının güverteye monteli zıpkın topunun icat edildiği 19. yüzyılın sonlarına kadar hedeflenmedi. O zamandan beri, 1966’da IWC’nin avlanma yasağı, mavi balina popülasyonları yüzde 70’den yüzde 90’a düştü. Yasadışı avlanma, 1970'lerin sonuna kadar devam etti, ancak o zamandan 2014 yılına kadar, izole edilmiş olaylar dışında, ticari mavi balina avcılığı olmadı.
Avlanmanın yanı sıra, mavi balinalar gemi grevleri, ticari balıkçılık teçhizatında dolaşma, okyanus gemilerinden gelen gürültü ve kirlilik ve küresel ısınmadan kaynaklanan habitat bozulması gibi tehditlerle karşı karşıyadır. Uydu etiketleme, araştırmacıların balina rotalarını, gemilerle ve balık avcılığı ile yüzleşmekten kaçınmaları için öğrenmelerini sağlar. Yaygın balıkçılık ve gemi trafiği alanlarındaki gözlemciler çarpışma ve dolaşmalardan kaçınılmasına yardımcı olur. Akustik pinger kullanımı mavi balinaların ve diğer deniz memelilerinin balıkçılık alanlarından korunmasına yardımcı olur. Devam eden izleme ve araştırma alanları arasında Kuzey Atlantik'teki St. Lawrence Nehri bölgesi gibi mavi balina popülasyonundaki kirlilik nedeniyle habitat bozulması ve küresel ısınmadan dolayı Antarktika buzunun erimesi sayılabilir.
