FDA, klinik ortamlarda kullanım için birincil ajanı olarak alkol kullanan sıvı dezenfektanı temizlememiş olsa da, izopropil alkolün, Hastalık Kontrol ve Önleme Merkezlerine göre, belirli koşullar altında mikroorganizmaların öldürülmesinde etkili olduğu kanıtlanmıştır. Sterilizasyon için mevcut olan farklı alkol türleri arasında, izopropil alkol sürekli olarak en bakterisitlerden biridir.
CDC tarafından bildirildiği gibi, sterilize edici yüzeylerde nispi etkinliklerini belirlemek için metil alkol, etil alkol ve izopropil alkol üzerinde klinik deneyler yapıldı. Tüm alkol formları, yüzde 50'nin altındaki konsantrasyonlara seyreltildiğinde etkinlikte önemli bir düşüş yaşadı. Hiçbirinin bakteriyel sporları öldürme veya kalın protein katmanlarına nüfuz etme kabiliyeti kanıtlanmamıştır. Bununla birlikte, test edilen çeşitler arasında izopropil alkol, hem hepatit B hem de herpes için virüsleri öldürme kabiliyeti göstermiştir. Hem E. coli hem de S. aureus popülasyonlarının dezenfekte edilmesinde etil alkolden biraz daha etkiliydi.
Ayrıca, yeniden kullanılabilir transdüser kafalarının dezenfekte edilmesinde izopropil alkolün etkili olduğu bulunmuştur. Bununla birlikte, CDC, alkol bazlı antiseptiklerin cerrahi aletler sterilize etmek için genellikle önerilmediği konusunda uyarır. Bunun nedeni, test edilen ajanların hiçbirinin çeşitli basillerin sporlarını güvenilir bir şekilde silemediği ve ölümcül enfeksiyonların zaman zaman alkolle muamele edilmiş aletlerin kullanımına göre izlendiğidir.