Bir HEPA temizleyici temizlenebilir, ancak zarar vermemeye özen gösterilmelidir. Toz parçacıklarının herhangi birini etkilemesini önlemek için filtrenin uygun hava akımı olan bir alanda temizlenmesi en iyisidir.
HEPA filtresini temizlemenin en iyi yolu basınçlı hava kabı kullanarak başlamaktır. HEPA filtresi çöp kutusuna yerleştirilmeli ve tüm tozu filtreden çıkarmak için basınçlı hava kullanılmalıdır; bu her iki tarafta da yapılmalı ve tekrarlanmalıdır. Basınçlı havayı kullandıktan sonra, HEPA filtresi dışarıda bir hortumla yıkanmalıdır. Hortumu kullanırken su akışını kontrol ettiğinizden emin olun, çünkü basınç çok yüksekse filtreye zarar verebilir.