Gübreler mahsul verimini önemli ölçüde artırabilir, ancak aynı zamanda çevre kirliliğine neden olabilir ve topraktaki besin dengesine zarar verebilirler. alglerin ve diğer mikroorganizmaların kontrolden yaydığı besinlerin fazlalığı. Gübrenin aşırı kullanımı, toprağı su tablasına girebilecek inorganik kimyasallarla doyurabilir.
Pek çok sentetik gübre, büyük oranda yenilenemeyen bir kaynak olan petrole güvenir. Bu gübrelerin yan ürünleri de zararlı maddelere zarar verebilecekleri ve amonyak ve metan seviyelerini artırabilecekleri akarsu ve nehirlere akabilir. Ore, Portland yakınlarındaki nehirlerde yapılan 2007 somon balığı çalışmasında, balıkların doku ve organlarında düzinelerce sentetik kimyasal bulundu.
Çok fazla kullanıldığında organik gübreler de tehlikeli olabilir. Su tablasında çok fazla besin bulunması, su yollarında doğal oksijeni kullanabilen alg oluşumunu teşvik eder. Oksijen seviyelerini azaltmak, balıkları ve vahşi yaşamı öldürebilir ve bazı alg türleri, insanlara ve daha büyük hayvanlara zararlı olabilecek suya toksinler bile salgılarlar. Ağustos 2014’te, Toledo, Ohio’ya doğrudan belediye su alımının üzerinden çıkan zehirli bir alg, tüm kentin su kaynağının güvenli olmamasını sağladı.
