Bonsai ağaçları, çeşitli nedenlerden dolayı yapraklarını kaybedebilir. Bu nedenler arasında şok olmak, yeterince ışık alamamak, soğuk havalarda tutmak veya aşırı sulamak ya da su altında kalmak yer almaktadır.
Yaprakları şoktan kaybeden Bonsai ağaçları çok uzun süre karanlık bir kutuda kalmış olabilir, çevrenin büyük ölçüde değiştiğinin işareti olabilir. Ağacın uygun şekilde aydınlatılmış bir ortama döndürülmesi, ağacı tekrar sağlığa döndürmelidir.
Bonsai ağaçları doğrudan güneş ışığında bırakılmamalıdır, ancak çok az ışık yaprakların solmasına ve uzun sürgünlerde büyümesine neden olabilir. Doğru miktarda ışık sağlamak sağlıklı yaprakların elde edilmesini sağlar. Yapay, flüoresan aydınlatma kullanılabilir ve günde 10 saat süreyle sağlanmalıdır.
Aşırı soğuk veya aşırı sulama, yaprakların uçlarda siyah veya kahverengi olmasına neden olabilir. Tropikal bonsai ağaçlarının türleri, evin içinde oda sıcaklığında tutulmalıdır. Tropikal alt türler daha düşük sıcaklıklara dayanabilir.
Yaprakları sağlıklı tutmak için doğru şekilde sulamak önemlidir. Ağaç ve yapraklar için en iyi hidrasyonu sağlamak için düzenli bir programda veya belirli bir günde değil, yalnızca gerektiğinde su verin.
Bonsai ağaçları geniş yapraklı ve kozalaklı türler içerir. Geniş yapraklı türler zıt (her noktadan filizlenen iki yaprak) veya alternatif yapraklarla yaprak dökmeyen veya yaprak döken olabilir. Kozalaklı ağaçların her zaman yaprak dökmeyen, ancak birkaç yaprak döken tür vardır. Kozalaklı yapraklar, hem iğne hem de ölçek benzeri çeşitler içerir.